一、工程合同索赔管理的程序
1、索赔意向通知和索赔通知
承包人应在知道或应当知道索赔事件发生后28天内，向监理人递交索赔意向通知书，并说明发生索赔事件的事由。承包人未在前述28天内发出索赔意向通知书的，丧失要求追加付款和(或)延长工期的权利;
承包人应在发出索赔意向通知书后28天内，向监理人正式递交索赔通知书。索赔通知书应详细说明索赔理由以及要求追加的付款金额和(或)延长的工期，并附必要的记录和证明资料;
索赔事件具有连续影响的，承包人应按合理时间间隔继续递交延续索赔通知，说明连续影响的实际情况和记录，列出累计的追加付款金额和(或)工期延长天数;
在索赔事件影响结束后的28天内，承包人应向监理人递交最终索赔通知书，说明最终要求索赔的追加付款金额和延长的工期，并附必要的记录和证明材料。
2、索赔资料的准备
总述部分：概要论述索赔事项发生的日期和过程;承包人为该索赔事项付出的努力和附加开支;承包人的具体索赔要求。
论证部分：论证部分是索赔报告的关键部分，其目的是说明自己有索赔权，是索赔能否成立的关键。
索赔款项(或工期)计算部分。
证据部分。
3、索赔文件的提交
承包人必须在发出索赔意向通知后的28天内或经过工程师(监理人)同意的其他合理时间内向工程师(监理人)提交一份详细的索赔文件和有关资料。如果干扰事件对工程的影响持续时间长，承包人则应按工程师(监理人)要求的合理间隔(一般为28天)，提交中间索赔报告，并在干扰事件影响结束后的28天提交一份最终索赔报告。否则将失去该事件请求补偿的索赔权利。
4、承包人提出索赔的期限
根据九部委《标准施工招标文件》中通用合同条款，承包人提出索赔的期限：
承包人按合同约定接受了竣工付款证书后，应被认为已无权再提出在合同工程接收证书颁发前所发生的任何索赔。
承包人按合同约定提交的最终结清申请单中，只限于提出工程接收证书颁发后发生的索赔。提出索赔的期限自接受最终结清证书时终止。
二、工程合同索赔管理的条件
工程合同索赔管理具备以下三个条件：
1、与合同对照，事件已造成了承包人工程项目成本的额外支出，或直接工期损失。
2、造成费用增加或工期损失的原因，按合同约定不属于承包人的行为责任或风险责任。
3、承包人按合同规定的程序和时间提交索赔意向通知和索赔报告。