公司私自扣押员工工资处理方法:两种处理办法一、向当地劳动部门举报,由劳动部门责令单位支付。
法律依据:
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条 劳动争议申 请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利 被侵害之日起计算。