经济补偿金按应得工资计算，不考虑个人所得税或其他扣除。根据《中华人民共和国劳动合同法》，经济补偿标准为每满一年支付一个月工资，不满一年的按一年计算。月工资高于当地职工月平均工资三倍的，支付标准按三倍数额支付，最高不超过十二年。月工资包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。在计算十二个月平均工资时，加班工资和年终奖也应计入。经济补偿的具体计算仍需根据具体情况分析。
法律分析
一、经济补偿金是依据实发工资还是应发工资
应发工资，包括应缴纳的社保等。计算经济补偿金需要弄清晰发生劳动争议之日倒推十二个月的总收入计算出月平均工资，对于每个月的工资发放，应按应发工资计算，不考虑个人所得税或其他扣除。
二、相关法律规定
解除或者终止劳动合同的经济补偿计算方式，现行的核心规定在《中华人民共和国劳动合同法》如下条款：
第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
但是，该条款仍未明确前十二个月的平均工资中的“工资”包含哪些内容，问题由此诞生。对此，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条对于经济补偿的月工资下了定义：
第二十七条劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。《深圳市中级人民法院关于审理劳动争议案件若干问题的指导意见》：在计算劳动者解除劳动合同前十二个月平均工资时，其工资除包括正常工作时间的工资外，还包括劳动者的加班工资。劳动者已领取的年终奖或年终双薪，计入工资基数时应按每年十二个月平均分摊。
看完前述规定，我们可以得出的是如下结论：经济补偿是按应得工资计算，而不是按基本工资、应发工资计算。至于应得工资是不是实发工资，还要具体情况具体分析。
结语
根据相关法律规定，《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条规定，经济补偿金应按劳动者在本单位工作的年限支付。劳动者月工资高于本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，年限最高不超过十二年。月工资的计算是根据劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。具体的工资内容包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。此外，劳动者的加班工资和年终奖或年终双薪也应计入工资基数。因此，在计算经济补偿金时，应根据具体情况具体分析劳动者的实际工资情况。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第五章 特别规定 第一节 集体合同 第五十一条 【集体合同的订立和内容】企业职工一方与用人单位通过平等协商，可以就劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项订立集体合同。集体合同草案应当提交职工代表大会或者全体职工讨论通过。
集体合同由工会代表企业职工一方与用人单位订立；尚未建立工会的用人单位，由上级工会指导劳动者推举的代表与用人单位订立。
中华人民共和国农业法（2012修正）：第十章 农村经济发展 第八十二条 国家采取措施引导农村富余劳动力在城乡、地区间合理有序流动。地方各级人民政府依法保护进入城镇就业的农村劳动力的合法权益，不得设置不合理限制，已经设置的应当取消。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第三章 劳动合同和集体合同 第三十三条 企业职工一方与企业可以就劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项，签订集体合同。集体合同草案应当提交职工代表大会或者全体职工讨论通过。
集体合同由工会代表职工与企业签订；没有建立工会的企业，由职工推举的代表与企业签订。