在澳洲，有大约1/3的纯种狗由於基因上的缺陷而患有各种疾病，从症状程度上较轻的脐疝气（umbilicalhernias）到较严重的眼盲和脑部疾病，所见皆是。德国狼犬（在澳洲最普遍的犬种）罹患髋关节疾病的机率高於黄金猎犬；洛威拿（普及率仅次於狼犬）70%也患有相同的疾病。此外，有70%的牧羊犬患有基因问题造成的眼疾，且有10%导致失明，大麦町及白色牛头梗则常有耳聋的毛病。
外科兽医IanDouglas说：「在我的工作时间里，有一半是在作脊椎矫正手术，那些病犬包括有腊肠、拉萨和北京狗。」近来，一些英格兰牛头梗则由於兔唇而遭安乐死；兔唇在此种狗中是很普遍的缺陷。
诸如此类的事例不断发生坐，大丹狗和纽芬常有先天性心脏病，沙皮狗常有先天性的皮肤病；另外有一些狗，不只是心理上有病，更有智能上的问题。兽医兼犬心理学家RobertHolmes表示：「有些可卡犬会过度紧张、频尿；爱尔兰猎犬常被认为太愚笨，他们甚至找不到栓着牠们的绳子的尽头。」
超过300种因基因缺陷所造成的疾病，使患病的犬只承担极大的痛苦，饲主们在情绪上也受到影响，更别提昂贵的治疗费用了。况且，这现象有越来越糟的趋势，澳洲RSPCA（RoyalSocietyofPreventingCrultytoAnimal，英国皇家防止虐待动物协会）主席，是一位有三十二年经验的动物外科医师HughWirth认为：「某些纯种狗，譬如贵宾犬和CavalierKingCharles猎犬，带有谜一般的基因缺陷，除非经过遗传学家来筛检，不然的话应停止买卖。」
一、违反自然淘汰的基因虐待
基因缺陷会危害生命。每一物种都有某些遗传上的疾病。在自然界中，不适生存的生物皆会遭到自然淘汰，但在犬种的繁殖培育中则否。遗传疾病不是偶然发生，在169种被ANKC十万个会员认可的犬种中，许多培育出来的犬种，只是为了具有好看的外表，便於参加比赛或狗展，而为了符合外貌标准和维持血统纯正，培育者通常采近亲交配，导致犬只的健康间题。
约五千五百年前的青铜器时代，狗的祖先就已开始为人类执行不同的工作，而做选择性的培育。培育牧羊犬是为了牧羊；马士提夫犬为了防卫；灰狗则是为了猎捕羚羊。在古中国的记录中显示。西元前3400年的皇帝伏义氏，还特地培养一种迷你犬做为冬天暖手之用。西元79年因维苏威火山爆发被覆没的庞贝城，有许多门上刻着「CAVECANEM」，即小心恶犬的意思。
大体而言。过去人们选择健康活泼的狗，以便执行特定任务。譬如黄金猎犬是为随着猎人搜寻猎物，跛脚的狗是不会被饲养的。但是近50年中，最普遍被饲养的犬种和近亲交配，都只是为了外表的好看。什麽品种应符合什麽样的「外型标准」，标准则是由一些育犬协会，例如FCI（FederationCynologiqueInternational）订定。
「外型已从功能中脱离，这些被培育出的犬种，已不再保有狗的天性，牛头犬和北京狗甚至已无法在野外生存。」雪梨大学教授小动物医药学的资深讲师BillPorges如是说。「只着重於外型的美丽，却有可能鼓励繁殖不健康的动物，这是“不适者生存”，」RSPCA主席Wirth医师也表示：「在有限的基因（geneticpool）中，繁殖所谓的纯种狗，便需要硬下心肠去筛检，但是没有人这麽做。」目前犬类已面临世界性的健康危机，只有极少数狗种能逃过此劫。
二、外型标准只会带来麻烦
研究者对基因缺损而引起的疾病所知有限，在数百种遗传病症中，仅有32种可由基因试验测出。生物学家对果蝇的了解还远过於此，原因是全球的犬遗传学家不到100人，而且仅在少数的大学里工作，且时常需要筹募研究经费。
「缺乏研究经费」听起来很不对劲！狗是澳洲家庭里最普遍的宠物，约有38%的家庭养狗，仅31%的家庭养猫；根据宠物食品工业所做的市场调查，每年20亿的宠物商品市场，与狗相关的产品即占二分之一，那麽「谁该为受苦受难的狗负责？是育犬协会？是给狗外型设下标准的FCI？是繁殖者？或足一味想购买纯种狗的消费大众？」对於繁殖者与犬赛展示会来说，已很难回头。回顾1862年11月，当第一场大赛在澳洲Hobart市举行时，某些标准本身就不健康，巴吉特猎犬、寻血猎犬、圣伯纳犬被要求须有下垂的上眼皮，如此造成多种眼睛方面的不适；可卡须有长长软软的耳朵，让人望之生爱，但牠们的耳朵经常受到感染；德国狼犬须弓着後腿，髋骨倾斜，以看起来身形流线的步态站立，常造成髋关节脱臼。
当流行过後，狗儿们又会变成什麽模样？「有一段期间，牧牛犬须有橡马鞍一样的微凹的背部，现在人们却认为牠们的背应是硬直的。过去，牠们还须有较大的头，像熊一样。我们必须废掉这些可笑的标准，否则就没有人会在乎动物是否健康。」自1951年开始饲养牧羊犬的BereniceWalters表示。
就生物学角度而言，「外型标准」只会带来麻烦。在维多利亚时代，人们培育英国牛头犬的目的是为斗牛，近亲交配了一世纪，刻意培育出宽阔的肩膀和强壮的下额，却由於基因上的问题，导致行走障碍。一只所谓典型的英国斗牛犬，可能会让饲主花上好几千澳币的医药费，牠们常患有呼吸和心脏方面的疾病，此外尚有皮肤病与眼疾，这些都是基因缺损所造成的。事实证明，英国牧牛犬根本不能自然分娩。因为牠们头太大、肩膀太宽，挤不过母犬的产道。
「饲主应可做的更多！」一位爱尔兰猎犬的繁殖者DoreenRees说：「太多人买狗只为时髦，而不考虑能否照顾牠们。我听过一个老笑话说：爱尔兰猎犬太笨，找不到牵绳的另一头。老实讲爱尔兰猎犬本来并不笨，但是牠们需要是适量的运动和足够的空间，否则会因为太无聊而变得傻乎乎的。」营养、环境，甚至过滑的地板，都会使牠们受伤或生病，这些不单纯是基因的问题。
三、每年十三亿美元医药费
当然，不是所有的纯种狗都有基因上的问题，为工作而培育的犬种，较少有此类病症，Dogulas说：「灰狗很少发生髋关节脱臼的情形，因为牠们必须跑得很快，髋关节有缺陷的犬只通常很小就安乐死了。」其他的工作犬类亦如此。
另一正面的例子，是美国CavalierKingCharles猎犬的俱乐部以压倒性的票数，反对AKC为该犬所订的标准，理由是：「AKC在意牠们的价值远超过重视牠们的福利。」在美国，每年有大笔的金钱投人大赛，竞争激烈，就只为了达到颇具权威的AKC所订定的标准，致使每年约有十三亿元耗费在应付犬只的健康上。
欧洲某些国家，例如瑞典，一些外型不寻常的狗种，像是皮皱在一块的沙皮狗，是不被允许在注册登记的，因为牠们被变形的太厉害，早已不是原来该有的样子了。
「繁殖者并不情愿去过滤不健康的狗。」WIRTH医师表示：「有些人是因为小狗值钱，某些人认为淘汰是赔钱的做法，所以把牠们当宠物犬卖出，不给血统证书後继续繁殖。」并非纯种狗比其他的狗有更多基因上的问题，而是近亲交配，增加了遗传疾病发生的机会。大部分的遗传疾病是因隐性基因引起，如果小狗能够从父或母其中一方得到好的基因（或显性基因），则疾病不会发生，但若父母双方来自同一亲缘，新生小狗就可能产生问题。
然而即使没有潜在的基因问题，遗传性的缺陷也可能发生。基因之间的生物交互作用非常复杂，在强化某些特性的同时，亦可能产生未预期的後果。兽医师们相信，造成大部份牧羊犬视网膜发生问题的基因与基因之间（让牧羊犬有长长的鼻子和靠近的双眼），与被繁殖者特别强调的特徵有关。
四、还是必须从基因管制做起
负责的繁殖者会一步步的剔除有基因缺陷的犬只，ANKC已成立遗传疾病委员会，调查研究如何避免遗传疾病，并用X光线检查哪些犬只可能会将有问题的基因传给下一代，例如德国狼犬俱乐部，已用X光检查过超过五千只德国狼犬，并记录下牠们的家族史。此外，牧羊犬的繁殖者也发表一份明细，公布已知的脑部基因缺陷的带原者，这种狗发病後会变得凶暴，且在两年内死亡。
晚近新的道德观得以建立，可归功於九○年代人类对环境的尊重，使得消费者和繁殖者更清楚他们对动物和自然的责任；同时，也可能是受到法律的威胁。
现在的繁殖者已可利用科学方法，发现犬只潜在的疾病，以避免不好的育种决定。美国已发展出利用电脑建立遗传疾病的基本档案，目前已有超过300种的犬基因问题建档。另一项是PennHIP程式（一种髋关节疾病的检测系统，可以仔细的测出髋骨在X光片上脱白的严重程度）。这项软体业已上市，由国际犬基因美国公司推出，并已训练兽医师使用它。
但最终的解答还是在於一般的繁殖者和饲主，大家必须有共识－－那些被FCI订下外型标准的800种左右的犬种，根本就是不适当的版本。雪梨大学兽医心脏科医师GeraldineHunt说：「如果不从最源头－－基因方面着手，就没有什麽方法可以改善问题了。」