不会全部被杀死。
酸奶中含有一部分乳酸菌是可以活着直达并通过肠道的，并不会完全被胃酸杀死，这个数据在一项国外的研究实验当中有说明：
10名健康的人每天吃两次含有活菌的酸奶，每次125g。而试验中他们每天喝的酸奶的乳酸菌含量都在10亿CFU/g以上，最后的结果是在持续一周每天保持食用250g市售酸奶产品后，在60%的受试者的便便里都发现了一定数量的益生菌的存在。
另外正常人胃液PH约为1—3，通常在2左右，进食时胃内PH可升至4—5，而适合益生酸菌生长的环境的pH值是3以上，故喝酸奶推荐在饭后吃或和其他食物一起吃都是有助于酸奶益生菌留存的喝法。