市面上销售的燕窝通常以白燕为主，但也有黄燕，其中白燕又称官燕，整个燕窝颜色较为白色，而且白色为自然白且白中带点黄，而黄燕则是整个燕窝或燕窝大部分的地方颜色偏黄色，这是自然现象。
白燕底座正常偏黄另外若是买到的白燕底座较其他地方偏黄，也属于正常现象，这是因为燕窝的形成并不是短时间的，而是需要金丝燕一点一点用唾液黏着而成，这个过程通常需要耗时1个月之久，因此越是接近底部，其形成的时间越久，颜色也就越黄。
产地采摘时间不同出现的发黄现象根据对比发现，春天燕子食物充沛，筑巢时间较快，获得的燕窝颜色较为偏白，而秋冬季节采摘的燕窝颜色就偏黄或者偏灰；另外从海边出来的燕窝的颜色也会比雨林燕窝颜色偏黄，比如印尼爪哇出产的燕窝，以海岛燕窝为主，颜色偏黄，个头大，而马来西亚则出产森林燕窝，盏身偏白，杂质也较少。
光照氧化引起的发黄干燕窝的保存需放在阴凉干燥通风的地方，若是长期将干燕窝放在日照较强的地方，会因为放置时间较长，光照较多，发生氧化或其他反应，导致燕窝颜色发黄。
品质较差导致的发黄如果燕窝的黄色分布非常均匀，而且带有特殊气味的，可能是人为刷胶或染色造成的黄色，以充次于黄燕卖出高价而为，另外金丝燕每年结巢三次，第一次结之巢经过一冬天的修养，养分充足，唾液质素较优，品质厚而洁白，为燕窝中之极品，但越到后面燕子食物成分越低，燕窝的品质也会有下降，颜色也偏黄。
燕窝颜色黄黄的好不好根据其品质决定。
燕窝颜色偏黄多为上述5种原因导致的发黄现象，前面4种都属于正常现象，但第5种，以假乱真，滥竽充数的黄燕则属于劣质燕窝，经常食用这种带染色或其他成分的燕窝，可能对人体健康造成危害，建议购买黄燕时仔细辨别，看燕窝颜色是否均匀，泡发后水质有无变色等区分，需选择整盏燕窝颜色分布不均，浸泡后水质无颜色改变的为佳。