咽下综合诊断的重点是：生后未进食已开始呕吐，呕吐内容为绿色粘液，有难产、窒息或过期产史。
腹不胀，胎粪排出正常，可除外先天性食管或肠管闭锁。吐血量多时需与新生儿自身消化道出血相鉴别，如新生儿应激性溃疡、新生儿出血症也可有呕血症状。可做APT试验，取患儿呕吐物或大便中血性标本，加水搅匀，使之溶血，沉淀后，取上清液5份加1%氢氧化钠1份。
1-2分钟后观察，若呈棕黄色，表示血液来自母体，因成人血红蛋白遇碱则变性。若呈红色，表示血液来自新生儿本身，因新生儿血以胎儿血红蛋白为主，具有抗碱性，不变色。经以上试验，如证明为母血，可确诊为咽下综合征。
咽下综合症产生的原因是，在正常情况下，胎儿在宫内会吞入少量羊水，对胎儿的胃粘膜并无刺激。但在分娩过程中，胎儿如吞入羊水量过多，或吞入被胎粪污染或已被感染过的羊水，或含较多母血的羊水，均可刺激新生儿的胃粘膜，导致胃酸及粘液分泌亢进而引起呕吐。多见于难产史、窒息史或过期产史的新生儿。
这些婴儿常于生后尚未开奶即开始呕吐，吐出物呈泡沫沾液样，有时带绿色，为被胎粪污染的羊水，有时含咖啡色血样物。开始喂奶后呕吐常加重，吃奶后即吐出。但一般情况下，无呛咳，也无发绀等症状。胎便排出正常，有时可排黑便，大便潜血阳性。
一般腹诊不胀，看不到胃型或肠型，也无其他异常体征。通常在1-2天内，将咽下的羊水及产道内容物以及血液吐净后，呕吐即停止。呕吐重者可用1%碳酸氢钠溶液洗胃，洗1-2次后，呕吐即可停止。