依据相关法律的规定，疫情隔离期间不给员工以工资是不合法的，被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。
公司拖欠工资处理方式：
遭遇用人单位拖欠工资的，可以到劳动部门的保障监察大队投诉，也可直接申请劳动仲裁。
首先应该到所在市区的劳动局对你公司进行投诉，劳动监察大队会对此立案，留下你的基本资料然后去你公司调查了解，事情属实他们会出面调解，并警告你公司的行为已违反劳动法，遇到拒不执行的公司他们会强制执行。
单位拖欠工资是一个常见的问题，劳动者可以通过下面的方法解决：
1、到劳动行政部门举报(通常是劳动管理监察大队)。
2、也可以直接申请仲裁(仲裁费用200-300元，如果你胜了全部由公司负担)。
3、如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。
4、根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，你可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
法律依据：《中华人民共和国传染病防治法》
第四十一条 对已经发生甲类传染病病例的场所或者该场所内的特定区域的人员，所在地的县级以上地方人民政府可以实施隔离措施，并同时向上一级人民政府报告；接到报告的上级人民政府应当即时作出是否批准的决定。上级人民政府作出不予批准决定的，实施隔离措施的人民政府应当立即解除隔离措施。
在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障；被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。