自费疫苗不能用医保。下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
1、应当从工伤保险基金中支付的；
2、应当由第三人负担的；
3、应当由公共卫生负担的；
4、在境外就医的。
自费疫苗一般属于二类疫苗。国家免疫规划的是一类免费疫苗，属于免费接种疫苗。不论是省级医院还是市级医院，还有社区卫生服务中心，只要是能刷市医保卡的都属于医疗定点单位，要接受社保中心对其的管理和监督。在定点医疗机构购买、注射疾病预防接种的疫苗免费的以外，均可使用医保卡。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第三十一条 社会保险经办机构根据管理服务的需要，可以与医疗机构、药品经营单位签订服务协议，规范医疗服务行为。
医疗机构应当为参保人员提供合理、必要的医疗服务。第三十三条 职工应当参加工伤保险，由用人单位缴纳工伤保险费，职工不缴纳工伤保险费。第三十四条 国家根据不同行业的工伤风险程度确定行业的差别费率，并根据使用工伤保险基金、工伤发生率等情况在每个行业内确定费率档次。行业差别费率和行业内费率档次由国务院社会保险行政部门制定，报国务院批准后公布施行。
社会保险经办机构根据用人单位使用工伤保险基金、工伤发生率和所属行业费率档次等情况，确定用人单位缴费费率。第三十五条 用人单位应当按照本单位职工工资总额，根据社会保险经办机构确定的费率缴纳工伤保险费。第三十六条 职工因工作原因受到事故伤害或者患职业病，且经工伤认定的，享受工伤保险待遇；其中，经劳动能力鉴定丧失劳动能力的，享受伤残待遇。
工伤认定和劳动能力鉴定应当简捷、方便。