根据谁主张、该举证的原则，商标侵权的举证责任在原告。如果被告进行积极抗辨，此时被告应对自己行为承担证明责任。在商标侵权案件中，原告首先要明确商标法及其实施条例所规定的侵权注册商标专用权的行为，然后针对各种侵权行为确定侵权行为人，侵权具体形式，侵权商品的数量，侵权行为(或侵权商品)的准确发生地点。应当承担的举证责任有：
1、被侵权人在先权利证明(包括商标注册证等)；
2、被请权人产品样本；
3、侵权产品样本；
4、购买侵权产品证明(如发票等)；
5、为各种侵权商标或者侵权商标商品及包装进行印制、仓储、运输、邮寄等行为的单据。
被告针对原告的指控和提出的证据提出质疑，可以以该注册商标已被商标局依职权撤消，自行注销；与原告签订的商标许可使用合同或者商标转让合同等证据来反驳其并未侵犯原告的商标专用权。
如何维护自身的商业秘密权？
1、委托专业的知识产权公司调查取证。由于商标权案件专业性较强，由权利人自行取证，对取证的方向和范围把握的十分准确会有一定的难度。一般说来，专业的调查取证要比当事人调查取证更为方便、有效，收集证据的范围也更加广泛、精确，在司法实践中往往具有较高的可信度。
2、向行政机关举报取证。向侵权所在地工商举报后，上述部门可以查阅、复制与案件有关的合同、帐册等有关文件，询问当事人和证人，采用拍照、摄像等方式进行现场执法检查。涉嫌侵犯商标专用权的，上述行政执法部门可以对涉嫌侵权的产品清点数量、规格后查封并从中抽取样品。
3、运用公证机关收集、保全证据，是一个做好诉前准备的有效措施，商标侵权的网络证据保全公证。
需要注意的是：在商标侵权诉讼取证过程中需注意以下几点：
（1）收集证据内容及手段应合法。当事人提供的证据必须合法。
（2）注意证据之间的关联性和一致性。各个证据之间要有某种客观的联系，相互印证，而不是相互孤立的。在收集证据后要仔细研究它们的内在关系，剔除无关紧要的证据，确保证据有的放矢。
（3）注意证据的客观性。只有客观真实的证据才有证明力,篡改、伪造证据，要承担相应法律责任。