农业发展有限公司有免税的项目。比如生产销售的各种农膜；生产销售的除尿素以外的氮肥，除磷酸二铵以外的磷肥、钾肥以及免税化肥为主要原料的复混肥；批发和零售的种子、种苗、农药、农机是可以免征增值税的。
《中华人民共和国税收征收管理法》第三条税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。