两份不同的离婚协议不一定都有效，需要根据内容判断。
首先，在民政局登记备案的离婚协议并不是一锤子买卖，离婚后双方可以通过另外的约定来改变它。所以，虽然和配偶达成的补充协议与第二份离婚协议内容矛盾，仍然是有效的。
其次，根据法律相关规定，如果在民政局备案的离婚协议没有约定得十分清楚，而在之前的离婚协议中有详细的、可操作的具体描述，应该说以前的离婚协议的约定是有效的。
一、离婚协议的效力是什么？
离婚协议中关于财产分割的条款或者当事人因离婚就财产分割达成的协议，对男女双方具有法律约束力。当事人因履行上述财产分割协议发生纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。
男女双方协议离婚后一年内就财产分割问题反悔，请求变更或者撤销财产分割协议的，人民法院应当受理。人民法院审理后，未发现订立财产分割协议时存在欺诈、胁迫等情形的，应当依法驳回当事人的诉讼请求。
离婚协议是办理协议离婚的必要的书面材料，经过婚姻登记机关确认并予以离婚后，便具有约束力，任何一方不得反悔。如果没有经婚姻登记机关确认，同样具有约束力，根据法律的规定，当事人在婚姻关系存续期间为离婚而达成离婚协议或财产分割协议后，一方反悔而不同意办理离婚登记，另一方起诉请求离婚并请求按照离婚协议中关于财产分割的条款或者财产分割协议处理夫妻共同财产问题的，人民法院原则上应予支持。
由于离婚协议是在民政部门办理了登记备案之后才会具有法律效力，因此存在多份离婚协议的情况下，需要看哪一份是办理了登记备案的，经过登记的才会是有效的。若都没有登记备案的话，那么此时当事人可以选择其中的一份提交到民政部门，一旦办理了相应的手续之后，那么该份离婚协议就会生效。