水功能区监督管理实行流域管理与行政区域管理相结合。
国务院水行政主管部门对全国水功能区实施统一监督管理。
流域管理机构负责流域内重要江河湖泊水功能区监督管理的综合协调，并对含有省界断面的水功能区(包括省界缓冲区)以及流域管理机构直接管理的河道(河段)、湖泊、水库的水功能区实施监督管理。其他水功能区按省、自治区、直辖市政府水行政主管部门确定的管理权限监督管理。
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