抚仙湖水的补给除靠雨水和泉水补给。抚仙湖水清澈纯净，属于一类水,可直接饮用，透明度平均为5-6米，最大可达12.5米，是我国内陆淡水湖中水质最好的湖泊之一，居云南省湖泊之最。诗人们形容为“琉璃万顷”。明末徐霞客在他的滇游日记中写道：“滇山唯多土，故多勇流成海，而流多浑浊，唯抚仙湖最清。”为什么同是湖泊，抚仙湖的清澈度能位列全省之最呢?原因是多种多样的，首先，抚仙湖多为雨水补给，周围地区的雨水汇集成小溪，流经地区植被较为完好，流入抚仙湖自然水质较好。第二个也是最重要的原因是因为，在过去，在抚仙湖的西南边有一星云湖，通过南面山间的海门河与抚仙湖相连，仅长一公里多，补给的水通过星云湖的沉淀过滤再流进抚仙湖，自然水质相对于之前好了很多。但是现在，由于星云湖水质逐渐变差，红藻时不时会爆发，所以政府部门现于20__年开始封堵海门河，让抚仙湖的水回流回星云湖，想通过两个湖泊之间的流经顺序来改变星云湖每况愈下的水质。
当然，海门河河中段有一个神奇的景点就是，界鱼石。有一堵伸到水面的赧色石壁，称“界鱼石”，其旁还有一块石碑。如石碑上所言：星云湖栖息之大头鱼，抚仙湖生长的抗浪鱼，以石为界，不相往来。
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