顾名思义，补充协议应当是主合同一部分。如果补充协议里面的主体发生变化，根据合同的相对应，那么权利义务的主体发生变化了，就是新的协议了。新的协议也许有法律效力，但是与原来的合同就没有关系了。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》 第四百六十五条 依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
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