法律分析：合同纠纷协议可以影响法院的判决，但必须符合法律规定的要求。合同纠纷双方可以自愿达成协议，协议内容应当不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、社会公共利益，不违反公序良俗；协议的签订应当是真实、合法、有效、公平的。若协议内容与法律规定不符或者签订过程存在违法情形，则法院判决时不予考虑或者追溯到无效协议前的状态。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》
第二十三条 合同自愿原则
第一百二十二条 合同内容的合法、有效、公平
第一百四十四条 合同无效的情形
2.《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百零八条 关于真实性的规定
第一百零九条 关于合法性的规定
第一百一十二条 关于公平性的规定
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