1.享受的社保待遇不同。农村合同制工人参加农村合作医疗和养老,城镇合同制工人参加社区医保和养老。
2.缴纳的保险种类不同。农民合同制工人本人不缴纳失业保险费。城镇合同制工人需要缴纳失业保险费。
3.医保的报销项目不同。农业户口和城镇合同制户口社保报销比例不一样,药物的报销品种也不一样。
城镇合同制和农村制合同制是没有太大区别的，是由员工的户口性质所决定的，对养老保险医疗保险没影响，不影响退休金，对失业保险有不同，还有的企业是城镇可以上住房公积金，农村合同工没有住房公积金。
《中华人民共和国劳动合同法》第七十四条
县级以上地方人民政府劳动行政部门依法对下列实施劳动合同制度的情况进行监督检查：
（一）用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度及其执行的情况;
（二）用人单位与劳动者订立和解除劳动合同的情况；
（三）劳务派遣单位和用工单位遵守劳务派遣有关规定的情况；
（四）用人单位遵守国家关于劳动者工作时间和休息休假规定的情况；
（五）用人单位支付劳动合同约定的劳动报酬和执行最低工资标准的情况；
（六）用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况；
（七）法律、法规规定的其他劳动监察事项。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第一条 为了完善劳动合同制度，明确劳动合同双方当事人的权利和义务，保护劳动者的合法权益，构建和发展和谐稳定的劳动关系，制定本法。第七十四条 县级以上地方人民政府劳动行政部门依法对下列实施劳动合同制度的情况进行监督检查：
（一）用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度及其执行的情况；
（二）用人单位与劳动者订立和解除劳动合同的情况；
（三）劳务派遣单位和用工单位遵守劳务派遣有关规定的情况；
（四）用人单位遵守国家关于劳动者工作时间和休息休假规定的情况；
（五）用人单位支付劳动合同约定的劳动报酬和执行最低工资标准的情况；
（六）用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况；
（七）法律、法规规定的其他劳动监察事项。
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