夫妻双方长年分居不算自动离婚。法律规定必须是因为感情不和分居导致分居满两年，才可以作为离婚的理由。不过因感情不和导致分居满两年只是法院作为判定准予双方离婚与否的一个考虑因素，法院必须根据整个案情，判断夫妻感情是否确已破裂。
一、法院判决离婚的事由如下：
1、重婚或者与他人同居；
2、实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
3、有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
4、因感情不和分居满二年；
5、其他导致夫妻感情破裂的情形。
二、办理离婚登记需要的材料如下：
1、当事人双方的身份证和户口簿；
2、离婚协议书；
3、当事人双方的结婚证；
4、当事人的单人近期半身免冠照片；
5、申请离婚登记证明。
总之，夫妻双方长年分居不算自动离婚。法律规定必须是因为感情不和分居导致分居满两年，才可以作为离婚的理由。分居可以离婚的依据一般是重婚或者与他人同居；有赌博、吸毒等恶习屡教不改；因感情不和分居满二年等。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
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