工程备案合同与实际施工合同不一致，需要以备案合同为准来进行结算。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。应当注意的是，不是必须招投标的工程项目。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》
第一百四十四条 无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
第一百四十六条 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
第一百五十三条 违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。
第一百五十四条 行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。第五百零五条 当事人超越经营范围订立的合同的效力，应当依照本法第一编第六章第三节和本编的有关规定确定，不得仅以超越经营范围确认合同无效。
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