员工旷工三天自动离职有工资，但是需要办理离职手续，离职时工资、押金和经济补偿是必须一次性结清的，可以扣去旷工天数。用人单位不得随意扣减。否则当事人可以去劳动局举报。【法律依据】根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
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