1、征收情形不同。一般来说税务机关为了确保税款的征收准确性，为根据不同的情况采用不同的征收形式。核定征收适用于纳税人的账本不健全，并且资料大量确实难以查账，或者是难以准确查询纳税人应纳税额，税务机关依据税法进行税款征收。查账征收则适用于账本、凭证、财务审核制度相对健全能够正确计算应纳税款。
2、征收税率不同。不同的征收方式，所采用的税率时不同的。查账征收是由明确的计算方式的，在一定程度上算是定额征收，而核定征收的税率则时需要根据企业的性质不同来核算税率的。虽然不同行业的核定征收税率大不相同，但一般来说采用核定征收的税款要比查账征收的税款低。
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