玩Nanopore前先躲坑

玩Nanopore前先躲坑

了解笔者的人都知道，笔者是个狂热的新技术爱好者。

特别是对于测序技术，只要有新机器新型号出来，总是要第一时间想上手试试，玩玩，搞搞清楚。

有时候都分不清到底是工作需要，还是兴趣推动了。

对于号称“第四代测序”的Nanopore测序仪，笔者当然不会放过。

在其没进入中国市场前，就已经和国外的同好们各种追索资料。可惜，远水解不了近渴。了解的再多，没有实测，还是白搭！

总算，今年得偿所愿，实验室拿到了崭新的Nanopore，让我可以玩的彻底，玩的痛快！

Nanopore的优点，快！详情参照小编前贴《测序仪华山论剑之Nanopore》

Nanopore的操作，简单！ 实验步骤如《Nanopore上机操作指南》

可是，面对如此又强大，又快，又简单的Nanopore，笔者还是要先大哭三声。

因为，我实在掉了太多坑啦~~~

最大也是最麻烦的坑是，配套电脑要求太高

来来来，我们先看看Nanopore官方推荐的配套电脑是啥

你知道Nanopore的minIon测序仪才多大吗？ 没有手掌大。

你知道他家制定的电脑有多大吗？ 半个冰箱大。

放在一起对比那个鲜明啊~~~ 简直是给一个小鸟建了个宫殿的感觉。

你知道Nanopore的minIon测序仪才多贵吗？官方报价不超过1万。

你知道他家指定的电脑有多贵吗？四万起啊，国内还需要定制，没地方买要求的SSD

硬盘版的！

如果只是电脑配置高，那也就罢了。

毕竟搞生信的最不缺的就是服务器。

可是，这个测序仪不支持远！程！连！接！换句话说，我要么把机房的服务器搬出来，要么在机房里开展测序实验。真这么干，我觉得我们安全管理员会杀了我。。。

千辛万苦的搞定了配套电脑，开始测序吧。

等等，软件怎么安装不上？

哦。明白了。minIon的操作软件比较高大上，按照官方说明，安装前需要关闭所！有！的！防火墙和杀毒软件。

测着测着，怎么没数据产出了？！ 哦。原来是对DNA起始纯度和浓度有较高要求，建议至少超过50ng/ul。

咦？ 为什么我的芯片产出2Gb的数据，官方能产出15Gb甚至更多呢。 哦，原来是我的芯片活性孔数量不够。最大2400活性孔，我这才不到800。赶快申请换货！

数据拿到了。为啥测序质量这么低？ 哦，原来是需要数据自我矫正。最好再匹配上二代测序结果互相印证就更完美了。

掉了一个坑，爬出来。

再掉一个坑，再爬出来。

痛并快乐着坚持！

几句打油诗总结包括自己在内Nanopore初始玩家可能会遇到的困难：

minIon配套电脑很重要，固态硬盘不能少。 minKNOW软件安装需耐心，联网防火墙要关掉。 芯片保质仅两月，到手尽快做质控。 少于800需换货，活性孔越多数据好。 起始DNA高要求，纯度浓度强把关。 测序数据要矫正，二代结合更更好。 万山不许一溪奔，前路坎坷重重坑。 吾愿众心化霓彩，跨越沟壑奔远方。

伙伴们，你在测序工作中遇到了哪些坑呢？又是如何克服的呢？

欢迎留言与大家分享啊~~