例如,我们需要小鼠型蛋白Myrip,首先从文献中找到表达此蛋白的组织,从小鼠身上提取组织裂解等,得到总DNA后,使用设计的primer,进行RT-PCR,以下重点记录,如何设计此类primer
打开NCBI网页,最下,选择primer blast
打开页面如下:
然后在NCBI网页上查找你的目的蛋白基因序列,注意是house mouse,在mRNA和protein的选项中打开,如下
打开后,看到
把编码(阴影)输入到primer blast页面中,点击最下面的blast 会出现以下页面:
然后根据位置,选择primer,primer选择在ORF区域,并且需要在blast所选primer,是否有其他蛋白与之重合。
在NCBI网页最下面,选择blast选项打卡网页,输入blast的序列 最后确定是否是唯一的primer。
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